غیبت الهام علی‌اف در نشست سازمان کشورهای ترک‌زبان در آنکارا، در شرایطی که رجب طیب اردوغان شخصاً از او دعوت کرده بود، توجه‌ها را به اختلافات تازه میان دو متحد نزدیک منطقه جلب کرده است. اختلاف بر سر مقررات پوشش دانش‌آموزان، انتقادهای متقابل و تفاوت دیدگاه درباره سیاست منطقه‌ای از جمله عواملی است که به تنش‌های اخیر دامن زده‌اند.
علی‌اف روز جمعه در نشست آنکارا حضور نیافت و جمهوری آذربایجان را جیحون بایراموف، وزیر امور خارجه این کشور، نمایندگی کرد. به گزارش رویترز، این غیبت در ادامه هفته‌هایی از تنش میان دو کشور رخ داد؛ تنش‌هایی که پس از انتقاد برخی مقام‌ها و چهره‌های سیاسی ترکیه از محدودیت‌های مربوط به حجاب در مقررات جدید لباس مدارس جمهوری آذربایجان شدت گرفت. مقام‌های آذربایجانی این انتقادها را مداخله در امور داخلی کشورشان تلقی کرده‌اند.
رسانه‌های آذربایجانی غیبت رئیس‌جمهور را به برنامه‌های از پیش تعیین‌شده و فشردگی برنامه کاری او نسبت داده‌اند؛ با این حال، مقام‌های رسمی جمهوری آذربایجان توضیح مستقلی درباره علت غیبت ارائه نکرده‌اند. بنابراین، ارتباط مستقیم غیبت علی‌اف با اختلافات سیاسی همچنان در حد ارزیابی و تحلیل باقی می‌ماند، نه یک علت رسمی تأییدشده.
اختلاف دو کشور تنها به مسئله حجاب محدود نیست. ترکیه در جنگ غزه موضعی به‌شدت انتقادی در قبال اسرائیل اتخاذ کرده، در حالی که جمهوری آذربایجان روابط نزدیک خود با اسرائیل را حفظ کرده است. همچنین تلاش آنکارا برای عادی‌سازی روابط با ارمنستان، موضوعی است که می‌تواند بر محاسبات منطقه‌ای باکو اثر بگذارد. رویترز گزارش داده است که جمهوری آذربایجان در همین ماه ۳۱ شهروند ترکیه را به دلیل پست‌های انتقادی در شبکه‌های اجتماعی، افراد نامطلوب اعلام کرده است؛ اقدامی که نشانه‌ای دیگر از حساسیت فزاینده روابط دو کشور محسوب می‌شود.
با وجود این اختلافات، همکاری‌های دفاعی و انرژی همچنان بخش مهمی از روابط آنکارا و باکو را تشکیل می‌دهد. ترکیه از خریداران اصلی گاز طبیعی جمهوری آذربایجان است و دو کشور در سال‌های اخیر همکاری‌های نظامی و اقتصادی خود را گسترش داده‌اند. ازاین‌رو، غیبت علی‌اف لزوماً به معنای گسست راهبردی نیست، اما می‌تواند آزمونی برای توانایی دو دولت در مهار اختلافات بدون لطمه زدن به همکاری‌های بلندمدت باشد.